basse vallée du doubs dans le jura

L’agriculture est la principale activité économique de ce site Natura 2000.

Basée traditionnellement sur la polyculture et l’élevage, elle tend toutefois à évoluer vers des pratiques plus intensives et notamment vers la culture
céréalière et le maraîchage.
Les prairies inondables, encore bien présentes, constituent un des enjeux principaux du site : l’objectif est d’y maintenir une activité agricole adaptée à leur conservation tout en favorisant leur valorisation économique.

Quelques reliquats de forêt alluviale (y compris ripisylve) persistent également sur le site. De très grand intérêt écologique, ces milieux sont dans des états de conservation assez hétérogènes et nécessitent une attention toute particulière en terme de gestion.

Ces boisements alluviaux disparaissent aussi parfois au profit de peupleraies.

Enfin, une grande diversité de milieux humides existe encore sur le site avec notamment la présence de très nombreux bras morts. Mais ces zones humides sont également de plus en plus menacées. Souvent déconnectées du Doubs, elles se comblent progressivement de matériaux du fait de l’abaissement de la nappe et disparaissent soit lors des retournements de prairies, soit faute d’entretien régulier.
La recréation ou l’entretien de tels milieux est également l’un des enjeux principaux du Document d’objectifs.

Le site Natura 2000 « Basse Vallée du Doubs » présente une richesse importante en habitats naturels. Parmi ceux-ci,  une dizaine est reconnu au niveau européen comme étant des habitats d’intérêt communautaire.

Les formations ligneuses se composent de forêts riveraines relictuelles du fait des anciens déboisements effectués dans la vallée et surtout de la granulométrie peu favorable des sols. (forêt alluviale de frênes et d’aulnes (91EO) – Habitat d’intérêt communautaire prioritaire).

En liaison avec ces forêts riveraines, on rencontre des saulaies arborescentes à Saule blanc, typiques des vallées alluviales à sédiments grossiers et à dynamique importante et des saulaies basses à saule gris, association d’un grand intérêt biogéographique. Sur certains tronçons (digues, enrochements de berges), la disparition des formations arborées de saules est liée à la réduction de la dynamique fluviale et à l’abaissement de la nappe phréatique (extractions de graviers en particulier, enfoncement du lit du cours d’eau, pompages divers…).

Les milieux ouverts se composent de prairies et de pelouses : en effet, le très haut intérêt de cette vallée porte sur l’originalité de la cohabitation des pelouses sèches rares et des prairies hygrophiles et mésophiles en secteur inondable :

• le groupement dominant de la vallée est représenté par des prairies mésophiles appartenant à l’arrhénathéraie. Elles sont fauchées en juin puis généralement pâturées.
  > les prairies de fauche mésophiles à mésohygrophiles de la plaine inondable (6510)

• les sols les plus secs et les plus filtrants présentent des pelouses alluviales peu développées et qui semblent se maintenir. Elles possèdent de nombreuses espaces subméditerranéennes rares.
  > les pelouses sèches semi-naturelles et faciès d’embuissonnement sur calcaires (6210)

• les milieux humides à sols hydromorphes sont colonisés par des prairies hygrophiles très fragmentaires.

• les « mortes » abritent des phalaridaies (formation végétale à Phalaris), groupement bien répandu et disséminé dans toute la vallée.
  > la végétation flottante libre des mares et des bras morts eutrophes (3150)

• les lieux inondés toute l’année, abritent des formations à Glycérie ainsi que des roselières élevées.
  > les communautés hautes à Reine des prés et les ourlets humides à grandes herbes en bordure des cours d’eaux et des fossés (6430)
  

Les groupements de végétaux aquatiques se développent dans les « mortes » et les anses calmes de la rivière :

• les parvoroselières, groupements partiellement immergés constitués de grands hélophytes et d’espèces amphibies, au sein desquels on peut trouver des espèces telles que le Butome en ombelle, la Sagittaire, la Prèle des fleuves, etc.
  > les eaux stagnantes, oligotrophes à mésotrophes avec végétation du Littorelletea uniflorae et/ou du Isoëto-Nanojuncetea (3130)

• des formations végétales immergées, groupements à Potamot flottant, à Nénuphar ou à Hottonie des marais.

• des formations végétales flottantes (renoncules, nénuphars…) en superposition avec les milieux précédents.
  > les rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation à Renoncule  flottante (3260)

• En été et en automne, des groupements originaux de végétation temporaire d’émersion se développent avec la baisse du niveau de la rivière. On observe des formations de type pionnier et d’autres espèces très nitrophiles qui se trouvent sur des substrats sablo-vaseux. Ces groupements fugaces traduisent le caractère vivant et constamment renouvelé de la vallée.

• Les bancs de graviers, de sables et de galets présentent une végétation composite originale, en mosaïque, à caractère nitrophile marqué. Ce sont des groupements originaux particulièrement bien développés dans la Vallée du Doubs et qui semblent peu présents dans les vallées voisines.
  > les communautés annuelles colonisant les dépôts de limons découverts par marnage (3270)

• Une végétation d’ourlets installée au voisinage des Saulaies et en clairière, couvre de grandes surfaces. Elle est dominée par les orties, les ronces et diverses lianes, comme la Cuscute d’Europe.
  

Tous milieux confondus, ce sont plus de 500 espèces qui ont été identifiées sur le site Natura 2000. On recense une vingtaine d’espèces végétales protégées.
 

Cet éventail de milieux remarquables s’accompagne d’une faune très diversifiée et caractéristique des milieux aquatiques et humides. En particulier, la richesse avifaunistique mérite d’être soulignée : un nombre exceptionnel de 175 espèces  d’oiseaux dont 123 nicheuses ont été recensées sur le secteur de la Basse Vallée du
Doubs.

Parmi elles, 53 espèces prioritaires ont été mises en évidence. Les bancs de graviers et les îles sont indispensables à certaines espèces comme l’Oedicnème criard, la Sterne pierregarin et le Petit Gravelot.

Les berges abruptes rabotées régulièrement par la rivière sont colonisées par le Martin-pêcheur, le Guêpier d’Europe et l’Hirondelle de rivage. La mobilité et l’érosion latérale sont des mécanismes naturels indispensables à leur maintien. Lorsqu’elles sont assez étendues, les roselières abritent les nids du Héron pourpré et du Blongios nain, espèces très rares en France.

Les formations forestières (ripisylves, saulaies…) sont appréciées par la Gorgebleue à miroir, les pics, ainsi que divers rapaces nocturnes et diurnes, tels que le Busard cendré ou le Busard des roseaux.
Enfin, les prairies humides abritent le très rare Râle des genets, espèce nichant dans certaines parcelles à hautes herbes et donc particulièrement menacée par l’intensification de l’agriculture et la disparation des prairies.
 

L’inventaire entomologique a permis de mettre en évidence une grande variété de
peuplements d’insectes, en particulier de libellules et demoiselles. Les études menées en 2009-2011 révèlent la présence de 36 espèces d’Odonates sur l’ensemble du site.

Quant aux Poissons, ils trouvent dans ce secteur une grande diversité d’habitats. Une
trentaine d’espèces sont présentes, ce qui en fait une des stations les plus riches de toute la France continentale. Parmi elles, certaines sont protégées au niveau européen comme le Toxostome ou la Lamproie de Planer. Une autre espèce, la Bouvière, est un excellent indicateur de la qualité de l’eau, son cycle de reproduction nécessitant la présence d’un mollusque filtreur (ponte des œufs dans
une moule). Le Blageon, petit poisson fréquentant les eaux courantes et pures, est aussi présent sur le site.  

Les Amphibiens sont également de bons indicateurs de la qualité écologique d’un milieu. 16 espèces sur les 22 connues en Franche-Comté ont été recensées dans ce secteur.
La majorité est protégée au niveau national, voire européen, comme l’est par exemple le Triton crêté.

Trois espèces de Lézards et 3 espèces de Serpents, toutes intégralement protégées en France, sont connues dans la Basse Vallée du Doubs.

Les mammifères sont eux aussi bien représentés avec les Chauves-souris (Vespertilion de Daubenton, Vespertilion de Bechstein, etc.) et les rongeurs (Musaraigne aquatique, Musaraigne bicolore). Même si le retour de la Loutre ne semble aujourd’hui guère envisageable, en revanche, le retour avéré du Castor d’Europe sur la Basse Vallée du Doubs dans le Jura est une donnée écologique de première importance.

Enfin, sur le site, le travail réalisé par le Conservatoire Botanique a également permis d’inventorier et d’étudier la répartition de dix-huit espèces végétales potentiellement invasives, dont treize constituent une réelle menace pour l’équilibre des habitats naturels en place.

Le travail réalisé par le Conservatoire Botanique a permis d’inventorier et d’étudier la répartition de 18 espèces végétales potentiellement invasives, dont 13 constituent une réelle menace pour l’équilibre des habitats naturels en place.