La biodiversité du Val de Saône, intimement liée aux inondations, se caractérise par une mosaïque de milieux naturels à forte valeur patrimoniale comme les prairies humides, les forêts alluviales et les milieux aquatiques (mares, baissières, bras morts, rus, noues…).

Situé à la confluence de la Saône et de la Lanterne, le site de la Noue Rouge constitue une vaste zone humide dont la richesse du patrimoine écologique est reconnue au niveau national et européen. Ce site alluvial est une importante zone de reproduction et de refuge pour de nombreuses espèces, comme le Râle des genêts, la Marouette ponctuée, le Cuivré des marais, ou encore le Courlis cendré.

Dans le but de préserver et de valoriser le patrimoine naturel de ce site d’exception, des actions sont mises en œuvre depuis 1994. Pour favoriser la flore, les exploitants agricoles ont renoncé à toute fertilisation et à l’utilisation de pesticides. La récolte des foins est retardée afin de permettre notamment aux espèces nichant au sol d’accomplir leur cycle de reproduction.

Comme beaucoup de zones humides, le site de la Noue Rouge a fait l’objet au fil des siècles d’importants travaux d’assèchement. Dans les années 1970, des importants travaux de drainage avec la création de fossés ont été entrepris pour mieux exploiter la plaine agricole. La disparition du lit naturel et de ses méandres au profit des fossés a créé une dégradation des zones humides, limitée heureusement par les crues de la Saône.

En 1994, les parcelles contiguës ont été achetées en vue d’appliquer une gestion écologique, et le site devint une réserve naturelle volontaire.

Conscients de l’importance majeure des zones humides dans l’épuration de l’eau, dans la gestion des crues autant que dans la préservation de la biodiversité, le propriétaire de la Noue Rouge et l’EPTB Saône Doubs, en sa qualité de structure animatrice du site Natura 2000 « Vallée de la Saône », ont décidé en 2011 d’entreprendre la restauration du cours d’eau la Noue Rouge. Les travaux, débutés en 2012 et achevés en 2014, ont permis de replacer la rivière dans son lit naturel. Une succession de méandres d’environ 1 800 mètres a ainsi été recréée en remplacement des 900 mètres de fossés artificiels.

Ces travaux de restauration ont permis la réapparition d’espèces disparues et la reconquête d’une diversité d’habitats écologiques.