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Les études conduites dans le cadre de l'élaboration du SDAGE Rhône-Méditerranée et Corse permettent de bien distinguer les différentes composantes du bassin.

Cinq territoires, correspondant à des sous-bassins versants ont pu être ainsi identifiés :

• La Saône amont
• Les bassins viticoles de Bourgogne et du Beaujolais
• Le Haut-Doubs et la Haute-Loue
• Le Doubs aval
• La rive gauche de la Saône entre Doubs et Rhône

Pour en savoir plus :

Carte des territoires du bassin versant

Délimité au Sud par le bassin de la Tille en rive droite, et par le sous-bassin de l'Ognon en rive gauche, ce territoire constitue la tête du bassin de la Saône.

D'Ouest en Est se succèdent les Vosges saônoises, le plateau de Langres et la Côte de l'Auxois, qui se prolongent au Sud par une zone de piémont puis de larges vallées alluviales. Les substrats très différents donnent une grande diversité de paysages, caractérisée cependant par une ressource en eau abondante et des milieux aquatiques diversifiés présentant une richesse écologique indéniable : forêts alluviales du val de Saône, plateau des Mille-étangs, résurgences karstique, etc...

Sa surface totale est de 10100km². Le linéaire de cours d'eau y est de 5200km et l'altitude varie de 1216m au Ballon de Servance, à 178m dans la zone de confluence Saône-Tille.

Situé en rive droite, ce territoire s'étend de Dijon à Lyon. Il n'a d'unité que par l'accident géologique majeur qui le modèle du Nord au Sud. La géologie et le climat sont variés. Le linéaire des nombreux cours d'eau y est de 900km. Les coteaux et le micro-climat associés ont favorisé la culture de la vigne.

Ce territoire a connu au cours des précédentes décennies une très forte évolution, avec intensification des méthodes culturales, croissance importante des surfaces plantées en vigne, augmentation de l'urbanisation, développement des transports (trafics les plus intenses de France). Aussi sur ce bassin versant de profondeur limitée, l'impact de ces activités devient-il très fort, et menace fortement la qualité des eaux de nombreuses rivières affluentes.

L'homme a créé des difficultés supplémentaires en construisant en zone sensible et en imperméabilisant les sols de façon importante. L'effet cumulatif de ces multiples agressions sur les petits cours d'eau a, vers l'aval, des conséquences graves sur le milieu.

Ce territoire est situé dans le secteur de la source du Doubs et de la Loue. Il s'étend jusqu'à l'amont de Montbéliard sur une surface totale de 3700km².

Le linéaire de cours d'eau de ce territoire est de 978km. Formé essentiellement d'un ensemble de plateaux calcaires étagés, fortement karstifiés; son altitude varie de 1400m à 300m. L'agriculture est essentiellement tournée vers la production laitière et fourragère, la forêt occupant par ailleurs une place importante.

L'importance de la karstification modifie profondément les écoulements, notamment à l'étiage avec de nombreuses pertes et infiltrations et des résurgences importantes (Loue, Lison...). De ce fait, le réseau superficiel se trouve fréquemment à sec en été, avec des conséquences écologiques sérieuses.

Ce territoire s'étend du Ballon d'Alsace jusqu'à la confluence du Doubs avec la Saône, sur une surface totale de 3540km². L'altitude varie de 1248m au Ballon d'Alsace à 171m à Verdun sur le Doubs.

Tout en longueur, il est structuré par le Doubs et ses affluents, Allan, Savoureuse et Loue, le long desquels se sont implantées les principales villes de Franche-Comté (Belfort, Montbéliard, Besançon et Dole), avec une activité industrielle très importante. La longueur des cours d'eau est de 756km.

Le territoire est fortement marqué par des éléments structurants de type linéaire : routes nationales, Autoroute A36, Canal Rhin-Rhône, projet de ligne TGV...

Situé au Sud du bassin du Doubs, en rive gauche de la Saône, ce territoire s'étend jusqu'à Lyon. Sa superficie totale est de 4120km² et le linéaire de cours d'eau y est de 770km.

L'altitude varie de 580m sur le massif du Revermont à 162m au confluent Saône-Rhône. Il peut être considéré comme " le berceau des eaux dormantes " avec les étangs de la Dombes et de la Bresse, et les eaux des rivières affluentes de la Seille (à l'exception de la tête de bassin de la Seille). Cette caractéristique en fait un site privilégié pour une flore et une faune riches et particulières, mais très sensibles aux pollutions.

Ce territoire est composé de deux grandes entités: la Bresse louhannaise (pays de bocage) et la Dombes, ancien marécage transformé par l'homme en un réseau interconnecté d'étangs artificiels devenus au fil des siècles des milieux aquatiques équilibrés remarquables.